Lembaga Kemahasiswaan di lingkungan UMJ

A. Lembaga Tingkat Universitas

1. Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM)
2. Dewan Perwakilan Mahasiswa (DPM)
3. UKM Resimen Mahasiswa (Menwa)
4. UKM Mapala Stacia
5. UKM Renaissance
6. UKM Mapala Mapena
7. UKM Olahraga
8. UDK At Tanwir
9. Qur’an Learning Community (QLC)
10. Foreign Language Community (FLC)
11. Dissable Care Community (DCC)
12. Paduan Suara Mahasiswa (PSM)
13. Korps Protokoler mahasiswa (KPM)

B. Lembaga Tingkat Fakultas

1. Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM) Fakultas
2. Dewan Perwakilan Mahasiswa (DPM) Fakultas

C. Lembaga Tingkat Prodi

1. Himpunan Mahasiswa Prodi

D. Organisasi Otonom Muhammadiyah

1. Koordinator Komisariat IMM
2. Tapak Suci Putera Muhammadiyah Kampus A
3. Tapak Suci Putera Muhammadiyah Kampus B
4. Kafilah Hizbul Wathan
5. Ikatan Mahasiswa Muhammadiyah Komisariat Fakultas